A pesar de que la Máquina nunca pudo vencer a Samaritan en la simulación, ella logra hacer lo mismo al final. ¿Cómo fue eso posible?

Por un lado, Samaritan se había visto gravemente debilitado por el virus ICE-9 por el cual Finch había estado propagándose.

Luego, The Machine simplemente hizo todo contra Samaritan porque literalmente no le quedaba otra opción. El samaritano tuvo que ser destruido a toda costa.

No hay mucha respuesta lógica aquí, considerando que fue el final de la temporada + serie, y tuvieron que envolver las cosas con un cierre bastante decente.

Lo siento si esto no responde completamente a su consulta. Incluso intenté buscar la respuesta a esta pregunta. Llegó con ninguno.