Cómo decirle esto sin hacer un escenario.

Si él no lo entiende incluso por su lenguaje corporal, solo pídale café o té en los recesos. Luego simplemente dile que se siente un poco incómodo cuando alguien se asoma en mi PC. Él no tomará eso como un insulto.
Y su problema será resuelto. Es mejor decirle directamente.