Spike Jonze había sido el socio de colaboración para Kaufman durante un tiempo considerable. Si bien debe ser debido a la influencia de la industria de Francis Ford Coppola que Jonze consiguió a Malkovich en primer lugar, demostró su valía al montar efectivamente los guiones de Kaufman que algunas personas pensaron que eran “imposibles de filtrar”. Además de dirigir los guiones de Kaufman, Jonze también se desempeñó como productor para la mayoría de ellos. Debido a que continuaron repitiendo el trabajo con los demás durante un tiempo considerable, se puede pensar que su relación de trabajo es bastante buena, con resultados fructíferos.
Sin embargo, uno puede especular fácilmente una caída en torno al momento en que Synecdoche se estableció en el piso. Jonze, que había reservado previamente para dirigirlo, se fue para trabajar en un proyecto diferente debido a las diferencias creativas. Estas diferencias seguramente tuvieron un efecto eterno en su colaboración, ya que nunca han vuelto a trabajar juntos después de eso. Recientemente, Jonze recibió un gran reconocimiento por dirigir su propio guión, y tal vez eso lo haya llevado a sentirse lo suficientemente seguro como guionista para no necesitar colaboraciones de otros escritores, y definitivamente no de figuras (artísticamente) predominantemente asombrosas como Kaufman, para películas proyectos Por otro lado, Kaufman encontró un nuevo socio en Duke Johnson cuando regresaba a las películas después de un largo descanso, pero esta asociación parece un asunto de una vez, ya que es muy poco probable que Kaufman trabaje en otra película animada en el corto plazo.